Hola investigando solo un poco en el sitio de jquery encontré que el problema de compatibilidad esta en el alias $ de la sintaxis jquery es este el que causa los conflictos de compatibilidad con otras librerías de javascript.
al parecer para solucionar eso hay una función que aparece en los docs de el sitio jquery
Cita: Example:
Reverts the $ alias and then creates and executes a function to provide the $ as a jQuery alias inside the functions scope. Inside the function the original $ object is not available. This works well for most plugins that don't rely on any other library.
jQuery.noConflict();
(function($) {
$(function() {
// more code using $ as alias to jQuery
});
})(jQuery);
// other code using $ as an alias to the other library
ojala sirva!
Saludos