¿En que momento buscas la seciencia l en sec?
Lo mas cercano que veo es:
Código:
baseletra=VerElemListaPos(l,i);
secletra=VerElemListaPos(l,j);
Si es ahi donde obtienes un elemento de una lista y de la otra, por supuesto que siempre te dan iguales porque estas comparando la secuencia l consigo misma. Entonces:
Siempre es verdadero.
Espero sea de ayuda.
Saludos