Exacto, primero se ejecuta el PHP que envía el código html y javascript para que lo muestre en pantalla. Cuando ya se ha ejecutado todo el PHP, entonces se muestra la página y, si hay javascript, se ejecuta.
No podrás frenar el código PHP con javascript porque ya se a ejecutado TODO.
Por lo tanto tienes 2 soluciones:
Código HTML:
<script> if (!confirm("El Stock de <? echo $_GET["detalle_producto$i"];?> es demasiado bajo, Desea continuar de todos modos."))
{
document.location.href= 'boletas.php?sigo=no';
}
else
{
document.location.href= 'boletas.php';
}
</script> Y en boletas.php:
Código PHP:
$sigo= "si";
if (isset($_GET['sigo']) {$sigo= $_GET['sigo']}
if ($sigo!="no")
{
//Ingreso datos de la factura
$qSQL=mysql_query("select * from tbl_boletas where numero_boleta = '$boleta_numero'");
$sw_bol=mysql_num_rows($qSQL);
if ($sw_bol==0)
{
$res_factura=mysql_query("insert into tbl_boletas (numero_boleta,id_detalle,fecha_boleta,hora_boleta,vendedor_boleta,pago_boleta,total_boleta,observaciones_boleta) values ('$boleta_numero','$id_detalle','$fecha_boleta','$hora_boleta','$vendedor_boleta','$pago_boleta','$total_boleta','$observaciones_boleta')");
if (!$res_factura){die('Error: ' . mysql_error());}
}
//Actualizo el nº de la ultima factura
mysql_query("UPDATE `tbl_ultima` SET `ultima_boleta`='$boleta_numero'");
}
Como dije antes...
O utilizar AJAX, que no es muy complicado pero primero hay que entenderlo. Si posteas en esa seccion quizás te ayuden con tu problema (probablemente yo).
La idea del iframe personalmente no me gusta.