Frenar ejecucion de codigo con Confirm

[Asyolath]

mmm... Parece que intentas asignar un valor a una variable de php desde un código javascript, ¿me equivoco?. Si pulsas en cancelar -> $sigo="no":

if($nueva_cantidad<0)
{
?>
<script>
if(!confirm("El Stock de <? echo $_GET["detalle_producto$i"];?> es demasiado bajo, Desea continuar de todos modos."))
{
document.location.href= 'boletas.php';
<? $sigo="no";?>
}

</script>
<?

Eso no puedes hacerlo . Quizás si con Ajax, pero ya tendrías que utilizar otro método.
Debes saber que no puedes manipular variables de PHP desde javascript...

Lo que podrías hacer es lo siguiente:

Código HTML:

<script> 
if(!confirm("El Stock de <? echo $_GET["detalle_producto$i"];?> es demasiado bajo, Desea continuar de todos modos.")) 
{ 
     document.location.href= 'boletas.php?sigo=no'; 
} 
</script> 

y luego en boletas.php:

Código PHP:

  $sigo= "si";
if (isset($_GET['sigo']) {$sigo= $_GET['sigo']}
if ($sigo!="no") 
{ 
     //Ingreso datos de la factura 
     $qSQL=mysql_query("select * from tbl_boletas where numero_boleta = '$boleta_numero'"); 
     $sw_bol=mysql_num_rows($qSQL); 
     if ($sw_bol==0) 
     { 
          $res_factura=mysql_query("insert into tbl_boletas (numero_boleta,id_detalle,fecha_boleta,hora_boleta,vendedor_boleta,pago_boleta,total_boleta,observaciones_boleta) values ('$boleta_numero','$id_detalle','$fecha_boleta','$hora_boleta','$vendedor_boleta','$pago_boleta','$total_boleta','$observaciones_boleta')"); 
           if (!$res_factura){die('Error: ' . mysql_error());} 
     } 
     //Actualizo el nº de la ultima factura 
     mysql_query("UPDATE `tbl_ultima` SET  `ultima_boleta`='$boleta_numero'");  
} 
   

?>