Un pequeño comentario adicional, por si exista la confusión:
Tu ambiente de desarrollo y su sistema operativo es en muchos casos independiente en relación al servidor de producción que utilizarás.
Si tu servidor soporta MySQL y PHP, es más que suficiente para que tu aplicativo que ha sido desarrollado en MySQL y PHP corrán, independientemente que lo hagas desarrollado en Windows.
Yo uso WinXP y MacOSX para desarrollo de aplicaciones Web y casi todos mis servidores corren en Linux (salvo para aplicativos que desarrolle en .NET, ahí no hay vuelta que darle, salvo que encuentre un servidor que soporte MONO y que su soporte a ASP .NET 2.0 se culmine.. y eso que ahora estamos por llegar al 3.5
).
Suerte con el proceso de traslado, la primera vez siempre es interesante y a la vez, riesgosa :P. Ánimo!