Encontre el problema
El problema estaba en el LEFT JOIN o mejor dicho habia que modificar el WHERE y agregar algunos LEFT JOIN para que funcione correctamente. Lo que mas me llama la atencion es que en la version de Mysql 3.x.x funciona perfecto.... y en la version 5.x.x NO! Deberia ser alreves.. pero bueno, les paso el SELECT correcto por si alguna vez les sucede algo parecido y los ayude.
Código PHP:
select
s.affiliate_status_name,
a.affiliate_status_id,
a.affiliate_level_id,
a.affiliate_gender,
a.affiliate_firstname,
a.affiliate_lastname,
al.level_percentaje,
al.level_name,
c.countries_name,
SUM( IF(a.affiliate_id=ass.affiliate_id && ass.affiliate_tier_id='0' && ass.affiliate_billing_status = 1, 1, 0)) AS sales_indi,
SUM( IF(a.affiliate_id=ass.affiliate_id && ass.affiliate_tier_id!='0' && ass.affiliate_billing_status = 1, 1, 0)) AS sales_tier,
SUM( IF((a.affiliate_id=ass.affiliate_id) && ass.affiliate_billing_status = 1, 1, 0)) AS sales
FROM affiliate_affiliate a, affiliate_status s, affiliate_level al, countries c
LEFT JOIN affiliate_sales ass ON (a.affiliate_id=ass.affiliate_id OR a.affiliate_id=ass.affiliate_tier_id)
LEFT JOIN affiliate_status s ON a.affiliate_status_id=s.affiliate_status_id
LEFT JOIN affiliate_level al ON a.affiliate_level_id=al.affiliate_level_id
LEFT JOIN countries c ON a.affiliate_countries_id=c.countries_id
WHERE a.affiliate_id='1'
GROUP BY a.affiliate_id
Si alguno conoce una explicacion, mejor a la mia, seria bueno que la publiquen, ya que lo solucione pero no me quedo claro porque funciona en una version mas vieja y en las mas actuales no!
No se si termina siendo un mal conceto mio al crear el Select o solo una modificacion de Mysql en sus veriones..
saludos y gracias a todos!