mmmm.....
Hace tiempo hice una, pero no recuerdo muy bien.....
El archivo final, tiene la extension .class y tiene que ser compilado, utilizando un compilador java. Si no mal recuerdo, tienes un archivo con tu codigo fuente, y lo compilas y este te genera el archivo class.
Puedes descargar un compilador para java, desde la pagina de Sun Microsystems, pues ellos son los creadores de Java, creo que es el Java SDK.