restringir acceso a carpetas desde internet

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Hola, si lo que quieres es proteger una carpeta en concreto, por ejemplo donde tienes la aplicacion que permite entrar datos en la base de datos, una buena manera de proteger la carpeta, es poniend dentro de ella un fichero que se llame .htaccess, este es un fichero especial de apache, que si pones el nombre en google estoy seguro de que sabras configurar como es debido. Yo te explicaria mas, pero realmente nunca lo he usado.

Suerte.