Creo que estás confundido, unset hace exactamente lo que pedís. Probá esto, por ejemplo:
Código PHP:
<?php
$arrayTest = array (26 => array ( 'qty' => 1 ),
20 => array ( 'qty' => 2 ),
25 => array ( 'qty' => 4 ),
21 => array ( 'qty' => 8 ),
27 => array ( 'qty' => 7 ));
echo '<pre>';
print_r($arrayTest);
echo '</pre>';
unset($arrayTest[25]);
echo '<pre>';
print_r($arrayTest);
echo '</pre>';
?>