Tal como dices, al ser una aplicacion prefabricada y open source, sólo correspondería que cobres por el tiempo que te lleva personalizarla a los requerimentos del cliente y no por su instalacion. La personalizacion la podrías cobrar por hora de trabajo.
Cita: y si me piden que les haga una web 2.0 ?(osea con AJAX).
Una web 2.0 puede o no tener ajax, ya que si bien es muy usado en las web 2.0, el ajax en si mismo creo que no es la esencia del concepto.
Sea lo que sea que tengas que hacer, lo mejor es que intentes diferenciar los distintos tipos de tareas (programacion HTML, PHP, diseño, Flash, etc) y tengas tus precios por hora, y a partir de allí sabiendo el tiempo que te llevará podrás dar presupuestos aproximados al menos.
Saludos.