No sé si puedes controlar o no una descarga completa; desconozco si existe un evento que responda a esa acción contreta del protocolo. Lo que sí puedes es controlar los clicks que se hacen sobre un enlace; por ejemplo, con enlaces a los archivos así:
Código PHP:
<a href="download.php?nombre=documento.pdf">Descargar documento</a>
Y en la página de descargas, controlar los clics por ejemplo con una base de datos (aunque se puede de muchas maneras):
Código PHP:
$nombre_archivo = $_GET['nombre'];
$conn = mysql_connect('host', 'user', 'pass');
mysql_select_db('dbase', $conn);
$query = 'SELECT clicks FROM archivos WHERE nombre LIKE \'' . $nombre_archivo . '\'';
$result = mysql_query($query, $conn);
$row = mysql_fetch_row($result);
$clicks = $row[0] + 1;
$query = 'UPDATE archivos SET clicks = ' . $clicks . ' WHERE nombre LIKE \'' . $nombre_archivo . '\'';
mysql_query($query, $conn);
No sé si es exactamente lo que buscas, pero espero servir de ayuda.