A ver si con este ejemplo se comprende:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
</head>
<body>
<form id="form1" name="form1" method="post" action="">
<textarea name="area" cols="50" rows="5" id="area"></textarea>
<input type="button" name="Submit" value="testear" onclick="document.getElementById('ver').innerHTML=area.value.split('\n').join('<br>')" />
</form>
<div id="ver"></div>
</body>
</html>
Lo que quiere decir que, en el valor del textarea, los saltos de línea se convierten en \n, de otra manera no se produciría el reemplazo por <br> y, en lugar de verse como se ven, aparecerían todos en la misma línea al mostrarse en la capa.