Buenas amigo aqui tienes lo que creo andabas buscando, espero te sea de utilidad, he usado tu mismo codigo para realizar lo que deseabas, tienes que realizar muy pocos cambios como puedes ver.
Codigo:
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
var valor1 = 0;
var valor2 = 0;
function Set1 ( ingreso ) { valor1 = parseInt( ingreso.value );
document.myform.total.value = valor1 + valor2;}
function Set2 ( ingreso ) { valor2 = parseInt( ingreso.value );
document.myform.total.value = valor1 + valor2; }
</SCRIPT>
<FORM NAME="myform">
<p>Numero 1: <INPUT TYPE="text" NAME="numero1" onChange="Set1( this )"></p>
<p>Numero 2: <INPUT TYPE="text" NAME="numero2" onChange="Set2( this )"></p>
<INPUT TYPE="text" NAME="total">
</FORM>