kubuntu i386 ó x86_64?

[TolaWare]

Mira, yo he hecho andar tanto la versión para amd64 como la de 32bits.
La diferencia de rendimiento existe, pero es casi imperceptible. Esto es así ya que Ubuntu viene compilado para cualquier procesador de 64 bits, y esto le quita un poco de rendimiento.

Si quieres notar la diferencia real, tienes que petaquear el sistema, comenzando por recompilar el kernel para tu procesador específico y quitándole todas las opciones que no necesitas. Optimizar el tamaño y el uso de swap. Desactivar todas los servicios que no necesitas, etc.

Con respecto a las compatibilidades, solo se aplica a los software privativo, aunque he tenido la mala experiencia de compilar algún programa y que no compile porque tiene cosas específicas no compatibles con 64 bits (principalmente con los punteros largos y la falta de uso del operador sizeof()).