No se si te he entendido correctamente.
Lo que pretendes es subir un archivo haciendo un upload y que posteriormente cree un enlace de descarga al archivo que subiste.
Si esto es así, si se puede hacer.
¿Como?
a) Metiendo la ruta y nombre en un bd y posteriormente leerla
b) Leyendo el directorio donde lo metes (
con opendir) y construyendo dicho enlace
Saludos