Tras muchos dolores de cabeza y una semana completa perdida con la maldita función, conseguí terminarla.
Utiliza DOM. Y es una función facilmente modificable para cargar datos de un array en casi cualquier select dependiente.
function rellena_aplicaciones(sel) {
if (sel != "") {
//El valor que se selecciona en el select
var areaapp;
areaapp=sel.options[sel.selectedIndex].value; //alert(sel.value);
//Buscamos el select dependiente
var app;
app=sel.nextSibling.nextSibling;
//Borramos todo excepto el seleccione aplicacion
app.options.length = 1;
//Recorre todo el array
for (i=0; i<arr_aplicaciones.length; i++) {
if (areaapp == arr_aplicaciones[i][0]) {
var opc=document.createElement("option");
opc.value=arr_aplicaciones[i][1];
opc.text=arr_aplicaciones[i][1];
app.appendChild(opc);
//alert(arr_aplicaciones[i][1]);
}
}
}
}