Yo he tenido que armar los links de esta forma para poder probarlos en localhost y tambien que me funcionen cuando los subo al servidor de produccion.
Código PHP:
echo "<a href='http://".$_SERVER['HTTP_HOST']."/Productos.php?item=".$row[0]."'>".$row[3]."</a><br/>\n";
Si no te referís a eso, colocá algo de código para saber de que se trata.