Creo que yo también hice esta pregunta antes de obtener mi servidor remoto. Yo también desarrollo mis páginas en mi computadora windows y después subo los archivos a mi servidor linux y no he tenido ningún problema. Lo único que me recomendaron fue tener cuidado con las rutas absolutas (C:\carpeta) ya que Linux no usa el 'backslash', sino el 'slash' ( / ), aunque yo trato de nunca usar rutas absolutas, y si necesito usarlas las uso con formato:
Código PHP:
echo "http://".$_SERVER['HTTP_HOST']."/carpeta"