No creo que el problema sea de php quizás es que le falta mas ajustes a tu programa
merak mail server En este tema te sugerí que hicieras un record con el SPF. yo me la pase horas investigando porque a algunos servidores de correo no llegaban. Programar un servidor de correo sin tener mucho conocimiento al respecto y que logre ser compatible con los demás servidores de correo no es cosa fácil. Te boy a sugerir algo que seas muy cuidadoso al configurar tu servidor de correo porque si no tu IP va ser enviada a la lista de correo spam