Pues un algoritmo generico es:
Debes de tener una tabla que se llame avisos, donde almacenas el id del usuario, y el mensaje algo asi:
idAviso - Entero (PK Autonumerico)
idUsuario - Entero (FK a tu tabla de Usuarios)
Aviso - Texto (el Aviso)
Visto - Entero (un Flag para saber si ya vio o no el aviso)
Luego cuando cierto usuario entre al sistema, ejecutas un Query:
Código:
SELECT * FROM `Avisos` WHERE `idUsuario`=$id
Ciclas por todos tus resultados y por cada Aviso vas creando un Popup, y al mismo tiempo le envias el query de que ya fue visto para que no se repitan los avisos.
En general es eso no le veo mayor complicacion, suerte y si tienes mas dudas no dudes en preguntar aqui.
Salu2.