No vale la pena tener los dos, creeme, yo tengo kubuntu 6.10 Edgy 64 y va de maravilla, eso de las aplicaciones con codigo cerrado no es un problema, especialmente con la valiosa labor de los amigos de
Automatix que simplifican muchas de las cosas más necesarias, como flashplayer para firefox64, por otro lado siempre se pueden utilizar las librerías ia32 que dan soporte a muchas de esas aplicaciones.
Mira un ejemplo en la guia Ubuntu.