Suele pasar cuando el archivo es algo grande, por eso es necesario configurar bien los kbps, calculado a el tipo de ancho de banda del usuario final... una vez que lo cargas y va a saltitos, detienes, reproduces nuevamente y se soluciona, porque llenas algo más el buffer y esto le ayuda a la descarga/visualización... de todas formas, puedes seleccionar algún pequeño tiempo de espera antes de reproducir el flv dentro del componente Flash
