Hola:
Los popups son ventanas independientes de una página o de un iframes, y un div es una etiqueta concreta que se suele llamar capa.
Si te refieres a un popup se hace desde la instrucción window.open, pero si quieres poner capas en un iframe, debes referenciar al iframe con window.frames[el nombre del iframe]...
Acláranos mejor tu problema.
Saludos
