para los botones tienes que editarlos, y no se edita el codigo, se edita en photoshop (los botones son imagenes) y no tocas nada del codigo editando una imagen (boton), los themes siempre traen una carpeta "photoshop files" donde vienen todos los botones en formato psd para editarlos sin ningun problema en photoshop, hasta traen las fuentes si no las tienes instaladas.
Con lo del logo, eso es facil, solo tienes que ir a el template header y donde salga al parecido a esto:
<!-- This is where the top logo image goes -->
y pon esto pero adaptalo a tu theme:
<!-- This is where the top logo image goes -->
<td width="355" height="89" align="left" valign="top"><a href="http://tusitio.com/index.php" target="_top"><img src="$stylevar[imgdir_misc]/vbulletin_logo.jpg" width="355" height="89" alt="tu foro" border="0"/></a></td>
<!-- End top logo area -->
para poner codigo o cualquier cosa en la barra de arriba bajo el logo (panel de control, faq, miembros) se edita el mismo template header y el codigo de los avisos google pegalo debajo de esto:
<!-- This is navigation/button area -->
Salu1+1