Te recomiendo Ultraedit, es un editor que te permite modificar las bases de datos, aunque aquí el problema seria que seguramente ya tienes esos caracteres extraños (
a causa de poner mal desde el principio el cotejamiento adecuado en la base de datos), con lo que, solucionarías desde el momento en que lo arreglas en adelante.
Ultraedit tiene una función para cambiar un texto por otro, es decir, si escribes "A" y tienes que cambiarlo por "B" (
De modo masivo, es decir, todas las "A" que tengas en el archivo), puedes hacerlo, en este caso, "A" seria el cotejamiento actual, "B" seria el que corresponde con el idioma Español. Prueba, tal vez con suerte al modificar el cotejamiento desde el archivo de la base de datos, se corrige todo. Cuando guardes los cambios, clic en GUARDAR, no en guardar como, ya que de ese modo respeta el formato de la base de datos, ya solo te quedaría restaurar el archivo desde Cpanel o el gestor que uses y listo.
Espero que te funcione.
Un saludo.