Cuando trabajas en .NET si es Web el sitio se configura en el IIS para que funcione, si es en Winforms cuando compilas en la carpeta \bin\debug o \bin\release se guardan los archivos con los cuales ejecutas la aplicacion, en ambos casos las dos maquinas deben tener el framework correspondiente con el que fue desarrollada la aplicacion
VS 2003 Framework 1.1
VS 2005 Framework 2.0
Saludos
