MVC en si es un termino simple, y lo puedes implementar de forma muy concreta y facil.
En si un modelo MVC podria ser esto:
Código PHP:
include( 'models/clientes.php' );
include( 'templates/base.php' );
$clientes = new clientes();
// Hacer algo con clientes como:
$datos = $clientes->findByPk( 4 );
$datos['costoTotal'] = 30*4;
$viewCliente = new view( 'templates/clientes.php' );
$viewCliente->assign( $datos );
$viewCliente->render();
Como ves estas separando la forma de traer los datos (modelo), donde los procesas (el script/controller) y la forma de desplegarlos (vista).
Ahora, si quieres usar una forma mas sencilla de llamar a tus archivos, empiezas a usar routers y dispatchers:
index.php
Código PHP:
$controller = $_GET['controller'];
$action = $_GET['action'];
include( "controllers/$controller.php" );
$controller = new $controller();
$controller->$action();
include( "template/base.php" );
$view = new view();
$view->setTemplate( "templates/$action.php" );
$view->assignVars( $controller->getVars() );
$view->render();
Ahora dices no ps no quiero llamar a mis archivos asi de index.php?controller=algo&action=otro, entonces usas smart urls para reemplazar la accion y el controlador, de ahi te creces mas a usar mas terminos.
Lo ideal es implementar un sistema 100% OOP, donde no existan casi funciones directas mas que las que el propio PHP te brinda, espero que con esto te resuelva algunas dudas.
Salu2