Cuando trabajas con en mod ReWrite el mismo va a interpretar que lo que estas abriendo son carpetas (es la forma de engañar a los buscadores), ahora para que tus paginas te muestren los styles de los *.css y muestres las imágenes debes colocar en los llamados:
<img src="http://<?=$_SERVER[SERVER_NAME]?>/rutacarpetaimagenes/tuimagen.jpg>
e igualmente con el llamado de tu *.css
Salu2