En tu configuracion dice esto:
Código:
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
</Directory>
No veo ningun Indexes ahi, y como ya dijiste lineas arriba, estas entrando al / no al /media/HDD2/www/ donde si has puesto Indexes. Si no es por ahi el tema, el usuario con el que corre el Apache podria no tener acceso a ese directorio.