Eso segun estuve leyendo por los sitios de internet, lo que hace es ayudar en la busqueda no importando el orden de tu palabra clave... osea:
pedro perez
perez carlos
jose maria perez santigado
siempre buscara la palabra PEREZ este ubicado en el orden que sea a diferencia del modo nombre like '%$nombre%' o nombre='%$nombre%' que es, si tu buscas carlos perez aunque este en tu BD si no esta en el orden que esta guardado no te aparece el resultado mientras que con el MATCH AGAIN no importa el orden...
mas informacion en:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=15&pag=2 http://www.programacion.net/articulo/adr_buscador/