la transparencia se la puedes dar en el al exportarlo a .swf el editor web que usas, yo uso dreamweaver, ahi seleccionas el archivo.swf en las propiedades vas a parameters, en la opcion parameters colocas "wmode" y en value colocas "transparent", ojala te sirva, sino el codigo html seria mas o menos asi:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=4,0,2,0" width="340" height="54">
<param name=movie value="carpeta/archivo.swf">
<param name=quality value=high>
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="carpeta/archivo.swf" quality=high pluginspage="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="340" height="54" wmode="transparent">
</embed>
</object>
Ojala te sirva
