yo incluiria algo como esto.
dentro del head de la pagina puedes colocar la funcion
<head>
<script laguage="javascript">
function pregunta(id)
{
if(confirm("seguro de eliminar el registro con el id="+id))
{
return true;
}
else
{
return false;
}
}
</script>
</head>
y modificaría esta linea
<a href=\"eliminar.php?sw=2&id=$row[0]\">Eliminar</a>
dejandolo así
<a href=\"eliminar.php?sw=2&id=$row[0]\" onclick=\"javascript
:return pregunta($row[0])\">Eliminar</a>
checalo y dices como te fue.
suerte.