para empezar no se como activas cada cuadro, no pones todo tu codigo.
ahora lo unico que veo que puede fallar es aqui
Código:
nuevoCuadrado = _root.rojo.duplicateMovieClip("rojo"+contador, contador);
en contador cambia por
_root.getNextHighestDepth() haber que pasa.
Código:
nuevoCuadrado = _root.rojo.duplicateMovieClip("rojo"+contador, _root.getNextHighestDepth());