En el shell script, podes hacer "su" (super usuario) y luego hacer los cambios, y exit...
Creo que es posible sin embargo que un programa se ejecute como otro usuario...
Mi experiencia en Linux es bastante limitada pero te diria que te pases por el foro de SO's y preguntes ahi, a mas de uno debe de habersele ocurrido de hecho lical creo que tiene un home server inclusive, tal vez puedan darte una mano.
Saludos ;)
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