Cita:
Iniciado por Algadir 
Bueno la idea era que si instalo el Windows en el nuevo maestro y ver que funciona automáticamente manejar el PartitionMagick para formatear las otras particiones para automáticamente instalar linux y demás pero también tengo dudas sobre si funcionaría.
En realidad, es bastante más simple de lo que crees:
1. Instala Windows en tu disco maestro.
2. A continuación, instala Linux en tu disco esclavo. No necesitas Partition Magic ni nada similar; las distribuciones traen sus propias herramientas para particionar; muchas incluso te sugieren un esquema de particionamiento bastante inteligente (busca la opción "particionamiento automático" durante la instalación). Sólo preocúpate de que Linux se instale efectivamente en el disco esclavo y no modifique el disco maestro.
3. Verifica que el gestor de arranque (GRUB o LILO) se instale en el MBR del
disco maestro. Así el gestor de arranque podrá iniciar tanto Windows como Linux.
Eso es todo. No necesitas desconectar o cambiar de orden los discos duros; no necesitas crear particiones con programas externos. Simplemente deja que el instalador de tu distribución de Linux haga el trabajo por ti.
Cita:
Iniciado por Algadir Y al hilo de instalación de Linux la consulta contraria ¿cómo se desinstalaría Linux?
Simplemente elimina el gestor de arranque en el MBR e instala en su lugar el gestor de arranque de Windows. El proceso varía dependieno de la versión de Windows (para W98 basta con ejecutar
fdisk /mbr desde un disco de arranque; para WXP debes ejecutar
FIXMBR desde la Consola de Recuperación de Windows). Después de hacer esto, puedes formatear las particiones de Linux y usarlas como más te convenga.