Todo depende como vayas a mostrar ese texto, si lo vas a mostrar como HTML.. podes reemplazar los saltos de linea por <br>, con nl2br.
Código PHP:
<?php
$qry_noticias = mysql_query("SELECT * FROM $sql_tabla2 order by id") or die(mysql_error());
$total_noticias = mysql_num_rows ($qry_noticias);
$ini = "0";
while($resultado_noticias = mysql_fetch_array($qry_noticias)) {
if ($resultado_noticias['link'] == "vacio") { $resultado_noticias['link'] = "#"; }
echo "noticias[".$ini."]= new noticia('".nl2br($resultado_noticias[titulo])."','".nl2br($resultado_noticias[descripcion])."','".$resultado_noticias[fecha]."','".$resultado_noticias['link']."','_blank');\n";
$ini++;
}
?>
Saludos,