A mi me funciona perfectamente...
Código PHP:
<script language="javascript" type="text/javascript">
var laVentana;
</script>
<input type="button" onclick='laVentana=window.open("http://www.google.com", "gugel", "width=500px, height=200px, top=200px, left=300px");' value="abre">
<input type="button" onclick="laVentana.close();" value="cierra">