pues para ello necesitas saber algo de php, ya que cuando subes archivos al server a traves de un formulario quedan en la temporal luego debes moverlos a donde tu decides pues te dejo un link donde explican como se hace :) el ejemplo es con imagenes pero para el caso es el mismo tu despues ves que opciones de subida le das
el link :
http://php.novacreations.net/viewtopic.php?t=109
algo super importante es saber si vas a subir videos tu ftp te lo permite :*
ya que a lo mejor puede ser mucha carga, recomendaria los pasaras a algo como flv o swf :)
saludos