Hola
Bueno, pues es tal cual como dice nexus, pero si no te quedo claro prueba con esto
Código PHP:
<?
$c = 1;
$a=1;
$b = 0;
?>
<input type="checkbox" value="<?=$a?>" <? if($c==$a){?> checked <?} ?> >
<input type="checkbox" value="<?=$b?>" <? if($c==$b){?> checked <?} ?> >
Y para probarlo pues cambia los valores de las variables a y b, espero os sirva.