Mientras que sí que es posible pasar información a PHP con alguno de los muchos módulos Perl que existen para PHP,
http://search.cpan.org/search?query=...mozilla-search
es mejor lo que te dice monoswim: es muy fácil modificar el programa Perl para que sea él el que inserte los datos directamente en la base de datos MySQL. De hecho, se haría en el mismo número de líneas que lo harías en PHP.