Estás hablando de tiempo de ejecución ? porque si estás hablando de un simple archivo .pl es como cualquier TXT, abrelo desde PHP y captura el valor de la variable que quieras...
si quieres correr en tiempo de ejecución desde PERL un script PHP y pasarle parámetros lo puedes hacer mediante la función system() de perl...
Aunque lo mejor sería que no usaras PHP y hagas todo con PERL
