hola kitune, puedes pasar las variables a flash mediante LoadVars, bien llamando a un txt o valores de php por ej. y por otro lado utilizas el swfobject que llamas a la funcion javascript más o menos asi:
<script type="text/javascript" src="swfobject.js"></script>
<div id="flashcontent">
This text is replaced by the Flash movie.
</div>
<script type="text/javascript">
var so = new SWFObject("movie.swf", "mymovie", "400", "200", "8", "#336699");
so.write("flashcontent");
</script>
no veo donde se pasan las variables con javascript, puedes hacerlo de forma independiente sin problemas, de todas formas, si pones algún ejemplo de lo que estas haciendo será más fácil ayudarte
saludos