Te pongo lo que yo hice:
Código PHP:
$aux='return confirm("¿Esta seguro que desea eliminar el registro: '."$vcod_proc ?".'");';
echo "<a href='eliminar.php?cod_proc=$vcod_proc' onclick='$aux'>(-)Eliminar</a>";
El valor $vcod_proc, lo obtengo de la base de datos. (pon todo esto dentro del do while sacando el valor del registro en una variable).