mira si la ventana en pop-up es para actualizar una base de datos seria mediante un formulario
tendras que enviar la informacion no?
bien si aun quieres hacer lo que dices desde el boton aceptar se podria hacer asi
<input type="button" onclick="opener.location.reload();window.clos e()" value="ok">
lo malo es que como cerrarias la ventana no eviarias los datos
tendrias que ponerlo en una ventana de confirmacion o algo asi
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