Bueno corri pruebas en un P-ATA (o IDE) efectivamente tarda un poco mas, excepto en las descargas de internet con IE7 bajo XP (en la taza de transferencia) tiene una taza de transferencia de 75kbps (sin optimizaciones), Vista tiene una taza de transferencia de hasta 250kbps (sin optimizacion, no he encontrado alguna), lo que si, es que en vista como mensionas llega al 99%, y tarda un poco, se debe a que reviza el archivo, por el centro de seguridad, y termina de descargarlo (pasar de la temporal a la escritura definitiva en el disco).
No he probado en un S-ATA o S-ATA2 la comparacion de las carpetas entre XP y Vista, pero si pude probar la descarga, pasa de 99% a 100% en tan solo 2-3seg, en un archivo de 250MB, para un demo de un videojuego que descargue con un tamaño de 2.3GB tardo 8seg. En un P-ATA (IDE) con windows vista, tardo 9seg y 30seg para el archivo de 2.3GB. Pero se debe al chequeo del archivo como mensione anteriormente.
En vista de un P-ATA (IDE) comparado con un S-ATA2, al copiar archivos es mas rapido, es logico por la tecnologia que S-ATA alcanza transferencias mas altas que un P-ATA, necesitaria hacer pruebas en XP y Vista con un S-ATA o S-ATA2, pero tengo miedo de perder el boot si instalo despues XP en una particion logica.