Hola
Bueno pues prueba estas 2
lo puse asi
print '<div id="Layer1" style="position:absolute; left:709px; top:6px; width:222px; height:115px; z-index:1">';
?>
<script language="JavaScript">
<?include("../Javascript/noticias.js");?>
</script>
deja espacio entre <? e include es decir <? include(); ?> si no te funciona asi entonces mejor llama al script asi antes del codigo php
<script language="JavaScript" src="../Javascript/noticias.js">
y luego en el body pones
<body onload="funciondejavascript();">
donde funciondejavascript es el nombre de la función de noticias.js. espero os sirva.