Si quieres puedes traducir el js en php en un archivo cualquiera, y luego llamarlo en todas tus paginas con un include().
Y lo de traducir.. pues está claro. Tienes que pasar de la sintaxis js a php:
Código PHP:
var paco=5;
var pepe=46;
document.write("La suma es "+(paco+pepe));
Código PHP:
$paco=5;
$pepe=46;
echo "La suma es ".($paco+$pepe);
Sin más..