Y pero $id que valor tiene? Si te tira error (y hasta que estes seguro usando estas funciones) prueba con valres estaticos hast alograr crear un directorio, luego solo te faltara un paso para lograr el resto.
Código PHP:
<?php
mkdir('usuarios', 0777);
?>
Código PHP:
<?php
$id = 15;
echo $id
mkdir('usuarios/user' . $id, 0777);
?>