Ummm, es raro, teoricamente los menús ya deberían ponerse solitos encima de los paneles de atrás. Pregunté la clase que usabas por que si usas las antiguas(AWT) sin "j" delante, entonces si pasa que se superponen a las clases con "J".
¿Tu forma de construir el menu sigue estos ejemplos?
http://java.sun.com/docs/books/tutor...ents/menu.html
Si es así, ponnos el código y veremos a ver si entre más ojos vemos el por qué, por que no debería pasar.
S!