Todo se debe a la falta de una definición única, formal, centralizada, de cómo se debería trabajar en PHP. Uno de los temas es qué nomenclatura usar, por ejemplo, para los nombres de los archivos. Verás autores que usan:
Código PHP:
Usuario.inc.php
Usuario.req.php
class.Usuario.php
Usuario.class.php
En lo personal yo prefiero la última opción, y como hay menos información sobre qué criterio usar con las interfaces, extiendo el caso anterior:
Código PHP:
Imprimible.interface.php
Lo que falta es la organización que existe en el mundo de la
Arquitectura Java, donde todo está absolutamente normalizado y este tipo de cosas están documentadas, por lo que solo debes leerlas y seguirlas.
Como sugerencia, a la falta de uno propio, y ya que PHP5 se empieza a parecer al lenguaje Java, aprender y adoptar las mismas formas de trabajo.